益生菌仅对肠道菌群紊乱引发的宝宝便秘有改善作用，无法治疗所有类型的宝宝便秘。
1. 宝宝便秘分器质性便秘和功能性便秘两类，器质性便秘多是肠道发育异常、肛门病变等问题引发，吃益生菌没有任何治疗作用，必须通过医学手段干预；只有肠道菌群紊乱引发的功能性便秘，补充适配菌株的益生菌才能起到调节菌群、改善便秘的作用。
2. 宝宝便秘不建议长期吃益生菌。健康宝宝的肠道本身具备自主调节菌群平衡的能力，长期外源性补充益生菌会让肠道产生依赖性，削弱肠道自身的菌群调节能力，反而可能加重便秘，一般补充益生菌1-2个月便秘改善后就建议停用。
3. 给宝宝用益生菌调理便秘时，要注意冲调温度不超过40℃，避免高温杀死活性菌株影响调理效果，同时不要和抗生素同服，两类产品服用至少间隔2小时以上。
宝宝便秘诱因复杂，不要盲目给宝宝吃益生菌，先就医排除器质性问题后，再遵医嘱针对性调理，不要长期依赖外源补充剂。