1、新生儿便秘大多和肠道菌群建立不完善、菌群失调有关，补充益生菌可以帮助补充肠道有益菌，调节肠道微生态环境，促进肠道蠕动，从而改善便秘的情况。如果是先天性肠道畸形等器质性病变引发的便秘，益生菌无法起到改善作用，需要及时就医治疗。
2、给新生儿选益生菌，要优先选择标注了婴幼儿可用的专用菌株，目前经过临床验证的安全菌株有乳双歧杆菌BB-12、鼠李糖乳杆菌GG等，不要给新生儿盲目使用成人款益生菌。
3、补充益生菌也要注意正确的使用方法，要用40℃以下的温水冲调，避免高温杀死有益菌的活性，一般选择在餐后半小时补充，效果更好。
新生儿便秘要先区分是生理性还是病理性，排除病理性问题后，再按需选择合适的益生菌调理，不要盲目给新生儿用药。