益生元主要存在于各类植物性天然食物中，部分加工食品也会人工添加益生元成分。
1、天然食物中的益生元，常见的天然益生元广泛分布在全谷物、杂豆类、根茎类蔬菜和部分水果中，比如燕麦、藜麦、鹰嘴豆、芦笋、洋葱、大蒜、菊芋、带点生度的香蕉等食物中，都含有丰富的天然益生元。
2、加工食品中的益生元，不少市售的功能性食品中会额外添加人工提取的益生元，比如部分风味酸奶、婴幼儿配方奶粉、低聚糖饮品、益生菌补充剂等，这些也属于益生元的食物来源。
3、补充益生元的选择建议，健康人群日常补充优先选天然食物，摄入不足或者有肠胃调理需求的，可以额外选择含有益生元的加工补充产品。
日常饮食不用刻意追求高剂量益生元，保证饮食多样化，多搭配粗粮和高纤维果蔬，就能满足日常肠道维护的需求。