正常合理服用合格益生菌大多不会出现严重不良反应，仅少数人群会出现轻度肠胃不适，极个别会出现过敏反应，停服后多数可自行恢复。
1、益生菌吃后的不良反应主要集中在肠胃道，多数出现在服用前3天的适应期，具体表现为腹胀、排气增多、大便变软，一般症状比较轻微。极少数对菌株或益生菌添加成分过敏的人群，会出现皮疹、皮肤瘙痒，严重过敏的情况十分罕见。
2、以下几类人群吃益生菌更容易出现不良反应：首先是本身肠胃敏感、有肠易激综合征的人群，外源性补充益生菌会调整原有菌群状态，更容易引发不适；其次是过量服用的人群，大剂量补充益生菌会打破肠道原本的平衡，引发腹泻、腹胀；最后是对特定菌株过敏的人群，接触对应成分就会触发过敏反应。
3、大部分轻微不良反应不需要特殊处理，适应1-3天之后身体就会自行缓解，症状明显的可以先停服观察，若停服后症状仍不消失或者出现严重过敏反应，要及时就医处理。
日常补充益生菌不要盲目加量，肠胃敏感人群可以从小剂量开始逐步适应，降低不适出现的概率。
