菌根是植物根系与土壤真菌形成的互利共生结构，核心作用是帮助植物扩大养分吸收范围、增强抗逆能力，同时维持土壤生态系统的养分循环稳定。
1、菌根的具体作用可分为三个层面：第一，帮助植物吸收难以获取的养分，真菌菌丝纤细，能延伸到植物根系达不到的土壤孔隙中，吸收磷、锌、氮等养分供给植物，吸收效率远高于植物根系自身；第二，增强植物抗逆性，菌根可以调节植物生理代谢，帮助植物抵御干旱、盐碱、土传病害等不良环境胁迫；第三，实现双向互利共生，植物会将光合作用合成的碳水化合物供给菌根真菌，双方互相供能维持共生关系。
2、菌根在农业生产中的应用价值十分突出：首先它可以减少化肥投入，菌根提升了植物对磷肥的吸收效率，可减少30%左右的磷肥施用，既降低种植成本，又减少化肥带来的面源污染；其次可以提升移栽幼苗的成活率，在移栽果蔬、造林幼苗时提前接种菌根，能加快缓苗速度，大幅提升幼苗在贫瘠土壤中的成活率。
3、菌根还能长期改善农田土壤健康，菌根的菌丝网络可以将不同植物连接起来，还能促进土壤团粒结构形成，提升土壤的保水保肥能力，长期来看能维持农田土壤的微生态平衡，减少土壤退化问题。
菌根是自然界极具价值的特殊共生结构，现在已经逐步开发为生物菌肥应用在各类种植生产中，发展潜力很大。