服用益生菌初期出现腹泻大多是正常的肠道菌群调整反应，不属于有害副作用。
1、服用益生菌进入肠道后，会对原本失衡的菌群环境进行调整，原本占优势的有害菌在和益生菌竞争的过程中会大量死亡，释放出较多的毒素和代谢产物，这些物质会刺激肠道蠕动加快，肠黏膜腺体分泌更多水分，就会引发腹泻。
少数情况下，腹泻是因为个人对特定益生菌菌株不耐受，或是一次性补充剂量过大导致的。
2、出现益生菌初期腹泻后不需要盲目停服，这种腹泻大多症状轻微，仅表现为大便偏稀，排便次数增加1-2次，不会伴随强烈腹痛或发烧，一般持续1-3天，等肠道建立新的菌群平衡后就会自行消失。只有当腹泻持续超过3天、症状加重，或是本身有肠道急性炎症时，才需要停服就医排查原因。
3、想要缓解这种初期不适，可以通过小技巧降低不适感，比如把益生菌安排在饭后半小时服用，利用食物中和胃酸，减少益生菌失活，也可以先从低剂量开始补充，让肠道逐步适应益生菌的介入。
只要症状没有持续加重，不用对益生菌初期腹泻过度紧张，多观察调整即可。