扁桃体相关问题优先选用可作用于上呼吸道黏膜的益生菌，代表菌株为嗜酸乳杆菌、副干酪乳杆菌。
1、扁桃体是人体上呼吸道的重要免疫器官，多数存在扁桃体反复发炎问题的人群，都存在黏膜菌群失衡、局部免疫力偏低的情况，选益生菌优先选可定植于上呼吸道黏膜的菌株，临床常用的就是嗜酸乳杆菌、副干酪乳杆菌，部分针对咽喉调理的复合益生菌也会搭配鼠李糖乳杆菌，协同提升黏膜屏障能力。
2、扁桃体反复发炎是可以靠益生菌辅助调理的，但益生菌不能替代药物治疗。如果是急性细菌感染引发的扁桃体化脓发炎，必须先遵医嘱使用抗菌药物控制急性炎症，益生菌一般用于炎症消退后的调理，帮助调节菌群平衡，降低炎症反复发作的概率。
如果是单次发作的急性扁桃体发炎，优先对症处理即可；长期反复发炎的人群，可以在医生指导下补充对应益生菌调理，日常也要注意做好口腔清洁，少吃辛辣刺激食物。