水苏糖是从天然植物原料中，通过物理提取工艺提纯得到的，不属于化学合成物质。
1、水苏糖的提取来源以天然植物为主，目前市面上的商业化水苏糖绝大多数是从非转基因大豆中提取得到，也有少部分产品从水苏、泽兰、地黄的根茎中提取，大豆原料因供给稳定、提取成本适中成为行业首选。
2、提炼水苏糖的第一步是原料预处理，先将选定的原料粉碎，之后用热水进行恒温暖浸，让原料中的水苏糖充分溶解到水中，再过滤去除原料中的固体残渣，得到含有水苏糖的粗提取液。
3、接下来对粗提取液做除杂精制，通过超滤工艺分离掉大分子的蛋白质、粗多糖，再用层析工艺进一步提纯去除其他杂质，最后将提纯后的糖液浓缩、干燥，就得到高纯度的水苏糖成品。
正规的水苏糖提炼采用物理工艺，不改变水苏糖的分子结构，能保留其活性，安全性较高。