正规推荐剂量下，婴儿吃了三个月水苏糖一般不会产生明显的毒副作用。
1、水苏糖本质是从天然植物中提取的低聚糖，属于益生元的一种，它不会被人体肠胃吸收，也不会进入血液循环，只会给肠道有益菌提供养分，正常剂量下长期吃也不会在体内蓄积，不会给婴儿的肝肾带来额外负担，少数肠胃特别敏感的婴儿初期可能出现轻微排气增多，适应后就会消失，不属于长期危害身体的副作用。
2、少数特殊情况可能出现不适，如果婴儿本身对水苏糖的提取原料（比如豆科植物）过敏，或者长期过量服用，可能会出现持续腹胀、大便偏稀的情况，这种情况停止服用后就能自行缓解，也不会留下后遗症。
3、关于婴儿吃水苏糖的注意事项，首先要控制好对应月龄的剂量，不要自行加量；其次过敏体质宝宝要先少量试吃，观察没有过敏反应再正常吃；最后不要无目的地长期吃，宝宝肠胃不适症状缓解后就可以停用，不需要长期额外补充。
婴儿吃水苏糖只要遵医嘱按量服用，不用过度担心副作用，肠胃调理完成后及时停用即可。