吃益生元肚子胀气大多是肠道适应期的正常良性反应，并非副作用或过敏，多数会自行缓解消失。
1、 吃益生元肚子胀气，核心原因是益生元本身的作用原理决定的：益生元不能被人体直接吸收，是作为“养料”进入肠道喂养有益菌，有益菌在增殖、分解利用益生元的过程中会自然产生代谢气体，气体堆积在肠道内就会产生胀气感，尤其刚开始吃益生元的人群，肠道还没适应这种变化，胀气感会更明显。
2、 还有两种特殊情况会加重胀气：一是本身肠道菌群紊乱严重，有害菌占比高，益生元调节菌群的过程中，有害菌被抑制分解也会释放额外气体；二是一次性服用剂量过大，超出了肠道当前的耐受度，就会引发明显胀气。
3、 吃益生元肚子胀气要不要继续吃，分情况判断：如果只是轻微胀气，没有腹痛、腹泻、呕吐等其他不适，是可以继续吃的，一般坚持吃1-2周，肠道适应后菌群逐步平衡，胀气就会自行缓解；如果胀气程度剧烈，伴随其他不适，就先停服，降低剂量后再逐步尝试，或者咨询专业人员调整。
吃益生元胀气不用过度恐慌，大部分都是暂时的调整反应，从小剂量开始逐步加量，就能很大程度降低胀气的发生概率。