结肠炎或直肠炎用药需要结合具体病因、病情类型选择，不存在通用的“最好”药物，遵医嘱选择的对症对因药物就是最适合的。
1、 对因治疗用药：如果是细菌感染引发的急性结肠炎直肠炎，可遵医嘱服用喹诺酮类、头孢类抗生素抗菌消炎，病毒性感染一般对症调理即可自愈；如果是免疫异常引发的慢性炎症性结肠炎直肠炎，常用氨基水杨酸类制剂控制肠道炎症，重症发作期可搭配糖皮质激素、免疫抑制剂治疗。
2、对症缓解用药：腹泻症状严重的可服用蒙脱石散止泻，避免脱水或电解质紊乱；腹痛明显伴随肠道痉挛的，可服用解痉药物缓解疼痛；还可搭配肠道益生菌，调节肠道菌群平衡，帮助肠道功能恢复。
3、结肠炎直肠炎用药注意事项：首先不能盲目自行用药，尤其是不要滥用抗生素，滥用抗生素反而会破坏肠道菌群，加重炎症；其次慢性结肠炎直肠炎需要遵医嘱按疗程用药，不可症状稍有缓解就自行停药，很容易导致病情反复；最后用药期间要定期复查，监测药物不良反应，调整用药方案。
结肠炎直肠炎病因、病情差异较大，发病后建议先完善肠镜等相关检查，再遵医嘱用药，不要盲目跟风购药。