益生元不能和高温沸水、抗菌类抗生素一起搭配饮用。
1、 高温沸水：益生元大多是活性低聚糖类物质，超过60℃的高温会破坏其分子结构，大幅降低增殖有益菌的作用，因此不能用沸水冲调益生元。
2、 抗菌类抗生素：抗生素会无差别灭杀肠胃中的有害菌和有益菌，而益生元的作用是给肠胃有益菌供给养分，二者同服会直接抵消益生元的作用，必须同服时需要间隔至少2小时。
3、 除了上述两类不能搭配的品类，喝益生元还有其他需要注意的禁忌：本身对低聚糖类物质过敏的人群严禁服用，腹泻急性发作期也不建议大量喝益生元，避免加重不适症状。
