布拉氏酵母菌散的禁忌可分为过敏禁忌、特殊病理禁忌、特殊代谢疾病禁忌三类，所有符合禁忌症要求的人群都禁止服用本品。
1、过敏相关禁忌：对布拉氏酵母菌本身，或是对药物中添加的果糖、乳糖等辅料过敏的人群，是本品首要禁忌人群，服用后可能诱发过敏反应，严重时可危及生命。
2、特殊病理状态禁忌：存在全身性感染、免疫力严重低下（如恶性肿瘤放化疗期、先天性免疫缺陷、艾滋病患者）、中心静脉置管的人群禁止服用，布拉氏酵母菌是活的真菌制剂，这类人群服用后存在引发真菌血症的风险。
3、特殊代谢疾病禁忌：先天性半乳糖血症患者、葡萄糖半乳糖吸收障碍患者，以及先天性乳糖酶缺乏患者，也禁止服用本品，避免加重原有代谢异常问题。
服用布拉氏酵母菌散前一定要主动告知医生自身的过敏史、基础疾病情况，排除用药禁忌后再遵医嘱服用，不可自行盲目用药。