藿香正气水治灰指甲没有明确的根治效果，仅能暂时抑制部分表面真菌，无法替代正规治疗。
1、藿香正气水并没有治疗灰指甲的效果，灰指甲是皮肤癣菌、酵母菌等真菌感染甲板及甲下组织引发的甲病变，治疗的核心是渗透甲板杀灭深层真菌。藿香正气水属于祛暑中成药，主要用于外感风寒、暑湿导致的感冒不适，虽然成分中含有酒精可抑制部分表面真菌，但药物浓度不足，也无法渗透到甲板深层，不能彻底清除真菌，因此无法实现治疗效果。
2、关于藿香正气水治灰指甲的所谓“正确用法”，本身就没有科学依据支撑，如果非要作为偏方尝试，通用的操作是先将灰指甲放入温水中浸泡10-15分钟，打磨削薄表面增厚的病甲后，用干净棉签蘸取藿香正气水涂抹在病甲处，每日1-2次即可，该方法仅能起到轻微抑菌作用，不能代替正规药物。
3、想要真正治疗灰指甲，还是要遵医嘱选择规范的抗真菌方案：轻度单发的灰指甲，可外用阿莫罗芬搽剂这类能渗透甲板的抗真菌药物；多个指甲感染或症状较重的情况，可配合口服抗真菌药物协同治疗，不要盲目依赖偏方。
民间很多治灰指甲的偏方都缺乏足够的科学依据，不仅达不到根治效果，还可能刺激甲周皮肤，建议出现灰指甲后尽早就医规范治疗。